دلیل واقعی کیست مویی (سینوس پیلونیدال)هنوز مشخص نیست و فرضیه های مختلفی وجود دارد. برای مثال فرضیه ای میگوید این یک ناهنجاری جزئی مادرزادی بین کفل ها است و به همین خاطر بین افراد خانواده رخ میدهد. ناهنجاری در این بخش از پوست بخاطر این است که مو به جای بیرون آمدن به درون پوست رشد میکند.
فرضیه دیگر میگوید در اثر فشار یا اصطکاک پوست بین کفل ها , گودی یا فرورفتگی پیدا میکند و این خود مسئول فشرده شدن و رشد مو به درون و ایجاد کیسه یا غده ی چرکی میشود.

دلیل هرچه باشد , زمانیکه مو در پوست گیر کند باعث خارش و التهاب میشود. پوست ملتهب هم عفونت میکند و پس از مدتی عفونت دائمی و تکراری میشود. سپس عفونت منجر به سینوسی میشود که دارای قطعاتی از مو است.